Sasuke dan Sai

Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya dikarenakan misi yang dia jalani sebelumnya, dan harus dirawat di rumah sakit. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang ANBU yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "Roots" (salah satu cabang dari ANBU yang tidak diakui lagi) bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai anggota "Roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengancam akan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Di sini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang ANBU: Mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo dengan Yamato menyamar menjadi Sasori, untuk menemui mata-mata sang pengendali boneka dari Akatsuki tersebut, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan jurus elemen kayu (yang sama dengan jurus Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia mengabaikan misi tersebut karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu bertarung melawan tim Yamato, tapi pada akhirnya mundur bersama Orochimaru dan Kabuto. Tim Yamato pun pulang ke Konoha dengan penuh kekecewaan.